Безусловно, как и у любого метода коррекции зрения, у ортокератологии есть противопоказания. Поскольку основная категория пациентов — дети, соответственно всю ответственность берут на себя родители. Они целиком и полностью занимаются линзами, они их ставят, моют, хранят, контролируют состояние глаз ребенка. Если родители не готовы взять на себя эту работу, то этот метод не применим. Если ребенок простывает по пять-шесть раз в году, то использовать этот метод бесполезно. Во время болезни нельзя носить ортокератологические линзы, как и любые контактные линзы. Все заболевания роговицы являются противопоказаниями, все серьезные иммунодефицитные заболевания.